Bajo dicha denominación, disputaría los campeonatos de Segunda División de 2002, 2003 y 2004, año en el que, por problemas económicos, el club es obligado a desafiliarse, disolviéndose la fusión entre los tres equipos. El 1 de agosto de 2007 se inician las obras del nuevo estadio, camiseta atletico de madrid 2022 y ese verano el club confirma el cese de Amedeo Carboni como director deportivo tras varias discrepancias con el entrenador Quique Sánchez Flores.
