El sueco finalizó su primera temporada en España consiguiendo veintidós goles (diecisiete en el campeonato, cuatro en la Liga de Campeones y uno en la Copa del Rey) y consiguiendo con su equipo el título de Liga. En marzo de 2010, jugó en dos amistosos (contra Nueva Zelanda y contra Corea del Norte). Posteriormente, Jonathan fue seleccionado por Aguirre para formar parte de la lista de treinta jugadores pre-seleccionados para disputar el Mundial de Sudáfrica 2010; sin embargo, el 30 de mayo de 2010 no fue incluido en la lista definitiva de veintitrés futbolistas que disputarían el campeonato con México, lo que causó malestar en su entorno.
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